El territorio del departamento constituyó un área de poblamiento del pueblo chibcha de los Lencas, cuya importancia atestigua, junto al río Moncagua, el sitio arqueológico de Quelepa, y de modo especial el paraje denominado Ojo de Agua, donde se localiza un cementerio precolombino. Hacia fines del siglo XV, los pipiles procedientes del Altiplano mexicano llegaron a la zona y emprendieron su conquista. Los lencas y las tribus maya-quiché les ofrecieron una tenaz resistencia durante años, hasta que llegaron a estas tierras Pedro Alvarado y un pequeño grupo de soldados españoles.

Aliados con éstos, los primitivos pobladores del territorio acabaron con el dominio pipil, pero pronto se revolvieron contra los españoles.

Tras la fundación de la villa de San Salvador en 1525, los españoles encomendaron al capitán Luis de Moscoso la fundación de San Miguel de la Frontera, la cual tuvo lugar en 1530. De este modo se convirtió en el segundo núcleo urbano de importancia creado en el territorio de la futura República de El Salvador.

Antes de finalizar el siglo XVI, la población gozaba del título de ciudad de San Miguel y de una evidente preponderancia en la región.

Esto hizo que proclamada la Independencia de El Salvador, en 1824, se convirtiera en la cabecera del departamento del mismo nombre.

Sin embargo, la excesiva extensión de su territorio determinó que en 1865, durante la magistratura de Francisco Dueñas, se redujeran sus dimensiones y se crearan a expensas de su territorio los departamentos de La Unión y Usulután.

La ciudad de San Miguel, llamada “La Sultana de Oriente” está situada a 138 kilómetros de San Salvador, unida a ella por la carretera Panamericana, a 126 m.s.n.m. y en la llanura que se extiende al noreste del volcán de Chaparrastique. Su clima es muy caliente.

Posee una iglesia catedral, parques, hoteles, restaurantes, modrnos centros comerciales, pero en linea general es una típica población colonial en cuanto a arquitectura se refiere. Ha contribuido a ello, el hecho de estar ubicada en un región asismica.

San Miguel fue fundada por el capitán Luis Moscoso, el 8 de mayo de 1530 y siempre ha sido la principal población de la región ultra lempira oriental de El Salvador.

San Miguel es conocido por el gran carnaval que se efectúa en las fiestas patronales en noviembre, donde personas de todas partes del mundo vienen a celebrar con una fiesta donde por toda la semana hay juegos mecánicos alrededor de la ciudad hay desfiles de carrosas y donde la belleza de la ciudad y de las mujeres y en especial las chicas mas hermosas salen al desfile y la coronación de la chica mas bella o con mejores talentos es coronada la reina de las fiestas de la ciudad, esta en una pachanga que la difrutan ninos y adultos con tantas cosas que hacer, comer, sonreir, disfrutar y sin faltar es algo commemorativo que a este carnaval le cambian de nombre o tema, para reflejar el espíritu migueleño.

Cerca y hacia San Miguel se encuentran las lagunas de Aramuaca, el Jocotal y Olomega. La laguna de Aramuaca, que ocupa un cráter de explosión se encuentra a 4 kilómetros al este de San Miguel y cerca del mojón que marca el kilómetro 150 de la carretera Panamericana a partir de San Salvador. Ha conservado este depósito de aguas su bravía vegetación.

La laguna de Olomega, antes llamada de Camalotal porque abundaban las gramíneas acuáticas llamadas Calamote a 15 kilómetros al este de San Miguel. Tiene una superficie de 18 kilómetros cuadrados. Por el norte recibe el río San Antonio y a al oeste se desagua vertiendo sus excedentes al río Grande de San Miguel. Hacia el sur posee dos isla.

El Volcán de Chaparrastique, es uno de los volcanes más hermosos y grandiosos de América Central es el Chaparrastique o volcán de San Miguel que emerge de la dilatada planicie costera. Tiene una elevación de 2,132 m.s.n.m. La magnificencia de este volcán se advierte mejor desde el flanco austral, que desde una plataforma de 75 metros de altura se eleva esbeltamente 2,060 metros de altura.

Posee en su detallada cima, un majestuoso cráter central con ausoles o fumarolas.

Ha sido uno de los volcanes más activos en los tiempos históricos, pero la erupción más famosa es la que tuvo efecto del 21 al 23 de septiembre de 1787.